W trzy lata po tym wydarzeniu zabrano się za odbudowę świątyni. Odbudowany kościół poświecono w roku 1666. Ówczesny budynek był okazały jeśli chodzi o swoją wielkość oraz co ciekawe, jego wnętrze. Odbudowana świątynia podzieliła losy pierwotnej: spłonęła w kolejnym pożarze miasta (1707 r.).

Dopiero 1 września 1711 r. Położono kamień węgielny pod budowę trzeciego kościoła. Mając na uwadze doświadczenia ze słabej trwałości poprzednich budowli, postanowiono wznieść orientowany, murowany kościół z wieżą. Głównym budowniczym tego kompleksu był Adam Stier z Rydzyny, współpracujący z Pompeo Ferrarim. W 1713 r. biskup poznański Michał Bartłomiej Tarło, wstrzymał budowę kościoła na 2 lata. W 1715 r. dzięki interwencji króla pruskiego – Fryderyka I – parafia luterańska uzyskała zgodę na dokończenie budowy. Koniec datuje się na rok 1716, lecz przebudowa, wyposażanie i ozdabianie wnętrza trwało jeszcze wiele lat. W 1721 r. prowizoryczne sklepienie kościoła zastąpiono nowym, które następnie ozdobiono sztukateriami i malowidłami. W 1730 r. wykonano sklepienie biblioteki, a w 1742 r. przesklepiono zakrystie ozdabiając ją także sztukateriami. Nadbudowy wieży kościoła według projektu z 1743 r. Karola Marcina Frantza dokonano w roku 1782. Pożar miasta w roku 1790 zniszczył hełm wieży oraz dach, a także uszkodził wnętrze kościoła. Odbudowa kościoła trwała aż do roku 1805, w którym też nastąpiło jego poświecenie. Kościół był okazały: miał 24 metry szerokości i 44 długości.

W okresie II Rzeczypospolitej kościół należał do parafii przynależącej do superintendentury Poznań II Ewangelickiego Kościoła Unijnego.

Wraz z zajęciem miasta przez Armię Radziecką w 1945, kościół uległ zniszczeniu w wyniku stacjonowania czerwonoarmistów. Kolejne lata to przekazywanie świątyni w ręce kolejnych parafii: 1946 r. – władze miasta przekazały kościół w użytkowanie parafii polskokatolickiej, 1977 r. kościół został przekazany parafii rzymskokatolickiej. Kościół podczas wojny, do momentu przekazania parafii służył jako magazyn broni.

Wnętrze miało układ centralny na rzucie ośmioboku wpisanego w prostokąt. Przestrzeń nawy wyznacza osiem masywnych filarów, z których dwa wschodnie stanowią obramienie dla ołtarza głównego. Ściany opinają toskańskie pilastry oraz różnej formy okna, które są rozmieszczone w czterech strefach. Ciekawe są kute barokowe kraty, szczególnie te, które znajdują się obecnie nad drzwiami zakrystii. Pierwotnie wnętrze kościoła obiegały dwukondygnacyjne balkony. Środkową część kościoła nakryto pozornym sklepieniem kolebkowym z lunetami, nad emporami – sklepieniem półkolistym z lunetami. Kościół wyposażony był w stylu klasycystycznym. W roku 1909 kościół wzbogacił się o hełm wieży zbudowany według projektu Marcina Karola Frantza.

Lapidarium rzeźby nagrobnej: PowstaÅ‚o w poÅ‚owie XX wieku z nagrobków przeniesionych ze zlikwidowanych cmentarzy protestanckich. PochodzÄ… one głównie z XVII-XIX w. Nagrobki przeważnie należą do zamożnych rodzin oraz duchownych. Szczególnie interesujÄ…cy jest nagrobek Adama Hartmanna – nauczyciela króla StanisÅ‚awa LeszczyÅ„skiego.